曾经辉煌一时的日本忍者，在战后被GHQ解散组织而消失，不过，他们潜伏在世界的所有机关，现代也暗中活动着，据说人数约为20万人。但基层忍者经常找不到工作，其中之一的云隐九郎（山崎贤人 饰）隶属忍者组织“NIN”的末端忍者（下忍），过着与啃老族无异的生活。一天，闲得发慌的他被判了一项重大的“忍务”，那就是调查战后70多年来一直潜入地下的某个组织的动向，其名为——“地下忍者”。忍术、智谋、最新科技等驱使了一切，从未有过的战斗现在开始。

1987年秋天，裂缝开启让霍金斯小镇伤痕累累，主角群团结起来，只为一个目标：找到威可那并杀掉他。但威可那彻底消失，他的行踪和计划皆成谜。更麻烦的是，政府将整个小镇列为军事隔离区，更加强搜捕伊莱雯，迫使