位于东京西部的巨大“学园都市”。　　在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评

擁有「瑪那」能力的貴族，背負著守護人類的使命。梅莉達・安傑爾雖然身為貴族，且就讀於培育能力者的學校，卻是個不具備瑪那能力的少女。為了找出她的能力，庫法・梵皮爾被派來擔任她的家庭教師。但他同時也肩負「倘若確認梅莉達沒有才能，就暗殺她」的任務。在這個能力就是一切的社會，持續努力不懈修煉的梅莉達，讓庫法試圖做出一個殘酷的決定…。「要不要試著把生命託付給我？」並非以刺客或單純的教師身分，而是賭上暗殺教師的驕傲（自尊），向世界展現少女的價值！

3年前，一座都市被『消滅』了！3年後，拓也接到委託，和神秘少女小雪前往人稱『失落之地』的消滅都市展開意想不到的旅程……