主角有马拓也为一个无所事事的高中生，他父亲是历史学家，却在研究时失踪，留下他与继母两人相依为命。暑假时主角收到父亲寄来的包裹，里面有一个罗盘和三颗水晶珠，以及一封写着「时间是可逆的，历史是不可逆的

故事描述在称为布雷斯提尔的世界，名为“吉尔多”的巨大组织独霸了航空技术，企图利用手中强大的科技力量控制世界。这个世界的两大国家安纳托雷和度西斯处于交战状态，为了争夺霸权，两国都委托吉尔多设计空中战舰，

修次和千濑本来只是两名普通的中学生，虽然两人关系比较暧昧，但是由于他们都不善于谈恋爱，好不容易千濑大胆告白后两人尝试进行交往。原本，两人的青涩恋情应该正逐渐走上正轨时，意外却发生了。战争毫无声息的突然爆发，敌人的战机像下雨般空投炸弹。而这时，一个神秘物体却出现在天际，敌 人的战机被一架架的击落，一场危机暂时得到化解。而身临现场的修次，却清清楚楚的看到那击落敌机的神秘物体尽然是长着翅膀和巨大武器的千濑。原来，千濑是军方的秘密改造兵器，拥有不可思议的毁灭力量。千濑毫无保留地把这些秘密告诉了修次，修次面对这昔日

　　2031年，由于作为次世代能量装置而开发的“量子反应堆”的暴走事故，世界剧变。突然从地下蔓延的闪光，吞噬都市楼群、覆盖大地，最终，超越、融合了生物、机械、植物的未知特异进化生物“B.R.A.I”出