西元2029年，近未來的日本，全身義體的生化人草薙素子希望成立一支目的為「防範犯罪於未然」的特殊部隊。內務省官員荒卷大輔相中她與她的團隊，組成攻性組織公安九課，又名「攻殼機動隊」。一場國際陰謀指向了一名身分不明的駭客「傀儡師」，等待著草薙的命運究竟為何？而傀儡師的目的又是什麼？新時代賽博龐克動作劇，正式啟動。