故事发生在明治四十年（1907 年）在京都伏见居住的百川稻子什么都不擅长，每天都被父亲责骂，对于她来说的救赎就是祈祷神佛，某天一如往常她前往伏见稻荷神社参拜神明，遇到了一位自由奔放的少年坂本喜八，坂本喜八对稻子说不要信这些看不见的东西，从今之后将是电气时代。而此时稻子的 父亲对稻子说了关于结婚的事情，而且是父亲单方面决定的，稻子本来是放弃抵抗认为自己的价值就是如此，但坂本喜八打开了稻子想要离开这个家的心声，带着稻子离开了这个封闭的家。阻止结婚的方法是找出奇书《二十世纪电气目录》，那是喜八童年时代写下的关于

西元2029年，近未來的日本，全身義體的生化人草薙素子希望成立一支目的為「防範犯罪於未然」的特殊部隊。內務省官員荒卷大輔相中她與她的團隊，組成攻性組織公安九課，又名「攻殼機動隊」。一場國際陰謀指向了一名身分不明的駭客「傀儡師」，等待著草薙的命運究竟為何？而傀儡師的目的又是什麼？新時代賽博龐克動作劇，正式啟動。

　自人造人战士诞生以来，他们在半个多世纪中，一直守护着人们免受种种威胁和平的敌人的侵袭。　　然而，战斗仍在继续——　　而如今，一支由9名人造人组成的集团“涅墨西斯”出现了，他们坚信——仅凭009他们，无法引导世界走向安宁。　　由能够操控重力的改造人格拉维顿所率领的这支集团，他们所追求的“理想”究竟是什么？　　我们，是否即将亲眼见证时代的更迭？