根据漫画《黑杰克》改编的电视动画，描绘了已故手冢治虫的医疗和人性戏剧。 前作是接近原作的单集完结风格，但这次的特点是增加了新的设定和新角色，谱写了一个连续的故事。 该剧于2006年4月开播，距离前作仅一个月左右，截至9月共播出17集。 故事围绕着一个神秘组织寻求永生的“黑色计划”展开，他的导师本间承太郎博士也参与其中。 一场充满原著中没有的惊险和悬念的冒险，将由无证天才外科医生布莱克杰克展开。 还讲述了关于黑杰克出生的原创剧集，使其成为真正的 21 世纪黑杰克。