寄宿着昔日舰艇之魂的少女们，是谓“舰娘”。对于深海而来被称作敌对舰艇集群“深海栖舰”的异形敌人，舰娘是唯一能同他们对抗的存在。她们投身于战斗，保卫着人们和大海。然而，面对深海栖舰压倒性的数量优势，舰娘们非死即伤，战局不断倒向深海一方。此时，驱逐舰“时雨”被编入了一支新的舰队。这支舰队被称为“第一游击部队 第三部队”（1YB3H）。但此舰队几乎能用“东拼西凑”来形容：舰队成员仅有被配置于后方的旧式战舰“山城”、“扶桑”，唯一的航空巡洋舰“最上”，以及四艘驱逐舰。作为集

蹂躪海洋的神祕敵人「深海棲艦」。心懷昔日的艦艇之魂，唯一能對抗此一威脅的「艦娘」們。在攸關艦娘們的據點「鎮守府」存亡的「MI作戰」中，雙方陷入死戰，所幸由於特型驅逐艦「吹雪」的活躍，艦娘們終於贏得勝利；然而在這場戰鬥之後，她們所面臨的戰爭卻越來越激烈。MI作戰成功之後，鎮守府的戰力開始進出南方海域，持續攻陷敵泊地，並逐漸擴大戰區。艦娘們將在新的前線基地集結，並為下一場作戰而準備。她們在戰鬥的...

　　故事发生在虚构的未来世界，彼时，人类因为疏忽和大意而失去了制海权，海洋，成为了人们可望而不可即的所在，盘踞在那里的，是一股名为“深海栖舰”的强大势力。为了同这股势力抗争，一群名为“舰娘”的女孩子们